Οι βιοεπιστήμονες στην Ελλάδα έχουν πλέον στη διάθεσή τους μια πρόσθετη επιλογή για την εξυπηρέτηση των υπολογιστικών αναγκών τους και τη φιλοξενία των ηλεκτρονικών υπηρεσιών που παρέχουν. Πρόκειται για το υπολογιστικό Νέφος HYPATIA της ερευνητικής υποδομής ELIXIR-GR, στην οποία συμμετέχουν οι κυριότεροι ερευνητικοί οργανισμοί και πανεπιστήμια της Ελλάδας με σημαντική δραστηριότητα στις Βιοεπιστήμες. Το Νέφος ονομάστηκε έτσι προς τιμήν της Υπατίας, της φιλοσόφου και επιστήμονα που έζησε στην Αλεξάνδρεια της Αιγύπτου μεταξύ 370 και 415 μΧ.
Οι υπολογιστικοί πόροι του Νέφους “HYPATIA” βασίζονται σε μια ισχυρή συστάδα ετερογενών υπολογιστών συνολικά 1.500 πυρήνων, που εξυπηρετούν μεγάλο αριθμό βάσεων δεδομένων και εργαλείων αναλύσεων. Η ετερογένεια αφορά στις διαφορετικές προδιαγραφές (πχ επεξεργαστική ισχύς, διαθέσιμη μνήμη) και τις ειδικές δυνατότητες (πχ υποστήριξη κάρτας γραφικών ή δίσκων τεχνολογίας SSD) που διαθέτουν οι κόμβοι της συστάδας, έτσι ώστε να υποστηρίζουν με τον βέλτιστο τρόπο τις ιδιαίτερες ανάγκες των υπολογιστικών πειραμάτων και υπηρεσιών που εξυπηρετούν.
Ο εξοπλισμός και η αντίστοιχη πλατφόρμα διαχείρισης υπολογιστικών και αποθηκευτικών πόρων συντηρούνται και υποστηρίζονται από το Εθνικό Δίκτυο Υποδομών Τεχνολογίας και Έρευνας (ΕΔΥΤΕ ΑΕ-GRNET) και το Ερευνητικό Κέντρο “ΑΘΗΝΑ” αντίστοιχα. Ο εξοπλισμός φιλοξενείται σε κέντρα δεδομένων της ΕΔΥΤΕ.
Στην “HYPATIA” φιλοξενούνται ήδη, μεταξύ άλλων, η Εθνική διαδικτυακή πύλη δεδομένων Covid-19 (https://covid19dataportal.gr/) και η πλατφόρμα για την επεξεργασία δεδομένων GALAXY (https://elixir-greece.org/node/262), που προσφέρεται και για την ανάλυση μοριακών δεδομένων Covid-19.
Η προμήθεια και εγκατάσταση του αντίστοιχου εξοπλισμού, όπως επίσης και η ανάπτυξη της αντίστοιχης πλατφόρμας διαχείρισης, χρηματοδοτήθηκε από την Πράξη “ELIXIR-GR: Η Ελληνική Ερευνητική Υποδομή για Διαχείριση και Ανάλυση Δεδομένων στις Βιοεπιστήμες” του Επιχειρησιακού Προγράμματος “Ανταγωνιστικότητα, Επιχειρηματικότητα & Καινοτομία (ΕΠΑνΕΚ)” (ΕΣΠΑ 2014-2020). Ο ελληνικός κόμβος ELIXIR-GR συντονίζεται από το Ερευνητικό Κέντρο Βιοϊατρικών Επιστημών “Αλέξανδρος Φλέμιγκ” και αριθμεί 16 πανεπιστήμια και ερευνητικά κέντρα, καθώς και την ΕΔΥΤΕ.
Ο συντονιστής της Δράσης, ομότιμος καθηγητής Μπάμπης Σαββάκης, δήλωσε: “Το υπολογιστικό Νέφος HYPATIA θα αποτελέσει ένα εξαιρετικά χρήσιμο εργαλείο για τη βιοϊατρική έρευνα στη χώρα και θα μας συνδέσει με τις υπολογιστικές υποδομές του ELIXIR στις άλλες ευρωπαϊκές χώρες. Πρόκειται για επένδυση περίπου 1,2 εκατ. ευρώ που έγινε στο πλαίσιο του Οδικού Χάρτη για τις Ερευνητικές Υποδομές της Γενικής Γραμματείας Έρευνας και Καινοτομίας”.
Για την εξοικείωση των ερευνητών με την πλατφόρμα έχει προγραμματιστεί σειρά ανοικτών διαδικτυακών σεμιναρίων (webinars), το πρώτο από τα οποία θα πραγματοποιηθεί την Τετάρτη, 15 Σεπτεμβρίου 2021.
