Η Εκκλησία της Ελλάδος δεν απαλλάσσεται από την υποχρέωση καταβολής φόρου εισοδήματος από την εκμίσθωση των αστικών ακινήτων της, σύμφωνα με το Συμβούλιο της Επικρατείας.
Το ανώτατο δικαστήριο, με τρείς αποφάσεις του έκρινε ότι ορθώς η Εκκλησία της Ελλάδος κατέβαλε για συγκεκριμένα ακίνητα, για την περίοδο 2011 έως 2013 φόρο 2.9 εκατομμυρίων ευρώ.
Το Β΄τμήμα του ΣτΕ με με τις υπ’ αριθμόν 1731-1733/2018 αποφάσεις του απέρριψε τις προσφυγές της Εκκλησίας της Ελλάδος με το σκεπτικό ότι η απαλλαγή από το φόρο που προβλεπόταν από το έτος 1952 με το Νομοθετικό Διάταγμα 2185/1952 για τα νομικά πρόσωπα καταργήθηκε το 1971 με το Νομοθετικό Διάταγμα 1077/1971. και συνεπώς «έκτοτε η Εκκλησία της Ελλάδος ως Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου μη κερδοσκοπικού σκοπού, κατά τα άρθρα 99, 101 και 109 του Κώδικα Φορολογίας Εισοδήματος (Κ.Φ.Ε.) υπόκειται σε φόρο εισοδήματος για τα εισοδήματα από τα παραχωρηθείσα σ΄ αυτήν δυνάμει της σύμβασης του 1952 αστικά ακίνητα (σ.σ.: συνολικά είναι 164).
Μάλιστα, συνεχίζουν οι σύμβουλοι Επικρατείας, οι ρυθμίσεις του άρθρου 12 του νόμου 3842/2010 για τη κατάργηση των φορολογικών απαλλαγών νομικών προσώπων κερδοσκοπικού ή μη χαρακτήρα δεν επέφερε αλλαγή στις ήδη υφιστάμενες υποχρεώσεις για τα συγκεκριμένα ακίνητα της Εκκλησίας της Ελλάδος.
Στην προσφυγή που είχε καταθέσει στο ΣτΕ η Εκκλησία της Ελλάδος ζητούσε να ανακαλέσει μερικώς, λόγω πλάνης, ο προϊστάμενος της Α΄ Δ.Ο.Υ. Αθηνών τις δηλώσεις φορολογίας εισοδήματος των ετών 2011-2013 (διαχειριστικά έτη 2010-2012), που την υποχρέωναν να καταβάλλει συνολικό φόρο ύψους 18 εκατ. ευρώ περίπου.
Ακόμη, ζητούσε να αναγνωριστεί ότι το ακαθάριστο εισόδημα που δηλώθηκε από την εκμίσθωση των 164 αστικών ακινήτων της απαλλάσσεται από το φόρο εισοδήματος και ότι πρέπει για το λόγο αυτό να τις επιστραφεί το ποσό των 2,9 εκ. ευρώ περίπου (εισόδημα από τα επίμαχα ακίνητα) ως αχρεωστήτως καταβληθείς φόρος εισοδήματος.
